Selain itu Koarma juga mempunyai Satuan Operasi (Gugus Tempur/Gugus Keamanan) dan Satuan Pelaksana (Satuan Kapal Cepat, Kapal Amfibi, Kapal Selam dll.) yang masing-masing Satuan atau Gugus dipimpin perwira berbintang satu juga.
Di bawah Lantamal ada Pangkalan TNI AL (Lanal) yang dipimpin oleh Perwira berpangkat Letkol atau Kolonel, dan di bawah Lanal ada Pos TNI AL (Posal) yang dipimpin oleh Kapten atau Mayor.
Sedangkan untuk Satuan Pelaksana membawahi Armada-armada yaitu KRI-KRI yang setiap KRI dipimpin oleh perwira dengan pangkat Mayor, Letkol ataupun Kolonel.
- Komando Operasi
Komando Armada I (Koarmada I)
Komando Armada II (Koarmada II)
Komando Armada III (Koarmada III)
Komando Lintas Laut Militer (Kolinlamil)
Korps Marinir (Kormar)
- Komando Pendidikan
Komando Pembinaan Doktrin, Pendidikan dan Latihan TNI Angkatan Laut (Kodiklatal)
Sekolah Staf dan Komando Angkatan Laut (Seskoal)
Akademi Angkatan Laut (AAL)