Kekuatan yang sederhana tidak menyurutkan ALRI untuk menggelar Operasi Lintas Laut dalam rangka menyebarluaskan berita proklamasi dan menyusun kekuatan bersenjata di berbagai tempat di Indonesia.
Di samping itu mereka juga melakukan pelayaran penerobosan blokade laut Belanda dalam rangka mendapatkan bantuan dari luar negeri.
Baca: Letjen TNI Muhammad Herindra
Selama 1949-1959 ALRI berhasil menyempurnakan kekuatan dan meningkatkan kemampuannya.
Di bidang Organisasi ALRI membentuk Armada, Korps Marinir yang saat itu disebut sebagai Korps Komando Angkatan Laut (KKO-AL), Penerbangan Angkatan Laut dan sejumlah Komando Daerah Maritim sebagai komando pertahanan kewilayahan aspek laut.
Pada 1990-an TNI AL mendapatkan tambahan kekuatan berupa kapal-kapal perang jenis korvet kelas Parchim, kapal pendarat tank (LST) kelas 'Frosch', dan Penyapu Ranjau kelas Kondor.
Penambahan kekuatan ini dinilai masih jauh dari kebutuhan dan tuntutan tugas, lebih-lebih pada masa krisis multidimensional ini yang menuntut peningkatan operasi namun perolehan dukungannya sangat terbatas.
Reformasi internal di tubuh TNI membawa pengaruh besar pada tuntutan penajaman tugas TNI AL dalam bidang pertahanan dan keamanan di laut seperti reorganisasi dan validasi Armada yang tersusun dalam flotila-flotila kapal perang sesuai dengan kesamaan fungsinya dan pemekaran organisasi Korps Marinir dengan pembentukan satuan setingkat divisi Pasukan Marinir-I di Surabaya dan setingkat Brigade berdiri sendiri di Jakarta.
Sesuai Undang-Undang Nomor 34 Tahun 2004 Tentang TNI Pasal 9, Angkatan Laut bertugas:
- melaksanakan tugas TNI matra laut di bidang pertahanan;
- menegakkan hukum dan menjaga keamanan di wilayah laut yurisdiksi nasional sesuai dengan ketentuan hukum nasional dan hukum internasional yang telah diratifikasi;
- melaksanakan tugas diplomasi Angkatan Laut dalam rangka mendukung kebijakan politik luar negeri yang ditetapkan oleh pemerintah;
- melaksanakan tugas TNI dalam pembangunan dan pengembangan kekuatan matra laut;
- melaksanakan pemberdayaan wilayah pertahanan laut.
Baca: Rekrutmen Tamtama TNI Angkatan Udara Bagi Minimal Lulusan SMP, Cek Syarat dan Cara Daftarnya di Sini
TNI-AL berada di bawah Markas Besar TNI. Perwira tersenior Angkatan Laut, Kepala Staf TNI Angkatan Laut, adalah perwira tinggi berbintang empat dengan pangkat Laksamana mengepalai Angkatan Laut di bawah Panglima TNI.
Jabatan tertinggi di TNI Angkatan Laut adalah Kepala Staf TNI Angkatan Laut, yang biasanya dijabat oleh Laksamana berbintang empat.
Komando Utama di bawah TNI AL ada Komando Armada (Koarmada) yang dipimpin oleh perwira berbintang dua (Laksamana Muda/Mayjen (Mar.)), Di bawah Koarmada ada Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut (Lantamal) yang dipimpin perwira berbintang satu (Laksamana Pertama/Brigjen (Mar.)).