AHY saat itu didukung Partai Demokrat, Partai Kebangkitan Bangsa, Partai Persatuan Pembangunan, dan Partai Amanat Nasional.
Namun, nasib belum berpihak padanya dan Pilkada DKI Jakarta saat itu dimenangkan pasangan Anies Baswedan-Sandiaga Uno.
Suami Anissa Pohan tersebut memiliki prestasi cemerlang ketika bergabung dengan TNI.
Pada tahun 1997 AHY masuk Akademi Militer Magelang.
Meraih penghargaan Tri Sakti Wiratama pada tingkat I dan II, Agus terpilih menjadi Komandan Resimen Korps Taruna Akademi Militer pada tahun 1999.
Agus lulus AKMIL dengan predikat terbaik dan meraih penghargaan pedang Tri Sakti Wiratama dan Adhi Makayasa pada Desember 2000.
Setelah itu, dia mengikuti Sekolah Dasar Kecabangan Infanteri dan lulus terbaik Kursus Combat Intel pada tahun 2001.
Agus bergabung dengan Komando Cadangan Strategis Angkatan Darat (Kostrad).
Pada tahun 2002, dia menjadi Komandan Peleton di Batalyon Infanteri Lintas Udara 305/Tengkorak, jajaran Brigif Linud 17 Kostrad yang berpartisipasi dalam Operasi Pemulihan Keamanan di Aceh.
Agus mendapatkan gelar Master of Science in Strategic Studies dari Rajaratnam School of International Studies, Nanyang Technological University.
Pada tahun 2008, Agus dimintai kontribusinya oleh Kementerian Pertahanan (Kemhan) untuk bergabung dalam tim kecil guna merealisasikan gagasan Presiden SBY dalam rangka pendirian Universitas Pertahanan Indonesia.
Peran Agus dalam pembentukan perguruan tinggi tersebut berdampak pada pemindahtugasan ke Kementerian Pertahanan sebagai Kepala Seksi Amerika di Direktorat Jenderal Strategi Pertahanan.
Agus termasuk salah satu mahasiswa program Kennedy School, yaitu Edward S Mason Fellowship, dengan Program studi Master in Public Administration/Mid Career (MPA/MC) dan lulus pada tahun 2010.
Selain itu, Agus pun sempat bertugas di Lebanon bergabung dengan Kontingen Garuda XXIII-A pada November 2006 sebagai Pasiops Batalyon Infanteri Mekanis Kontingen Garuda XXIII-A.
Prestasi lainnya, Juni 2014, Agus menempuh tugas pendidikan militer setingkat Sekolah Staf Komando Angkatan Darat (Seskoad) di Command and General Staff College (CGSC) di Fort Leavenworth, Kansas, Amerika Serikat.
Ia menuntaskan tugas pendidikannya selama satu tahun dan lulus pada 12 Juni 2015 dengan hasil sempurna yaitu dengan IPK 4.0.
Di samping menempuh pendidikan militer, Agus juga menyelesaikan program Master dalam Kepemimpinan dan Manajemen (MA in Leadership and Management) dari George Herbert Walker School di Webster University dengan IPK 4.0.
Kini ia menjadi politikus bergabung dengan Partai Demokrat.
Agus pun dipercaya menjadi Komandan Satuan Tugas Bersama (Kogasma) untuk Pemilukada 2018 dan Pilpres 2019.
Baca: Mayor Inf. Agus Harimurti Yudhoyono, M.Sc.,MPA,
Akan Kemana Anak Presiden Kelima Megawati, Prananda Prabowo ?