Aksi balasan pun dilakukan oleh kelompok anti-PKI hibgga menyebabkan kondisi makin tidak stabil.
Muncul kecurigaan dan persaingan hingga muncul desas-desua adanya Dewan Jenderal di Angkatan Darat.
PKI menyebut Dewan Jenderal akan mengkudeta dengan bantuan Amerika Serikat.
Namun tuduhan ini dibantah dan secara resmi mengumumkan penolakan terhadap prinsip Nasakom di jajan TNI dan pembentukan angkatan kelima pada 27 September 1964.
Hal ini semakin membuat ketegangan politik antara PKI dan angkatan darat.
Puncaknya terjadi pada dini hari 30 September 1965 atau awal 1 Oktober 1965.
Saat itu, para perwira Angkatan Darat diculik sekelompok pasukan di bawah pimpinan Letnon Kolonel Untung.
Para anggota TNI Angkatan Darat pun banyak yang gugur.
Kemudian pada 1 Oktober 1965, Letnan Untung mengumumkan aksi yang telah dilakukannya lewat RRI Jakarta.
Dalam pengumuman tersebut, Letnan Kolonel Untung mengumumkan bahwa Gerakan 30 September berhasil menggagalkan kudeta Dewan Jenderal terhadap Presiden Soekarno, pembentukan dewan revolusi, pembubaran Kabinet Dwikora dan penghapusan pangkat jenderal dalam TNI.
Baca: Film G30S/PKI Dinilai Cacat Fakta dan Drama, Ahli Sejarah UGM: Tak Ada Bukti Penyiksaan Jenderal
Masyarakat yang mendengar kabar tersebut pun kebingungan.
Panglima Komandan Strategi AD (Kostrad) Mayor Jenderal Soeharto pun mengambil alih komando Angkatan Darat karena nasib Menteri Panglima AD Jenderal Ahmad Yani belum diketahui.
Soeharto kemudian memrintahkan untuk menumpas pemberontakan yang terjadi.
Keadaan di Jakarta dan daerah pun mulai kembali dikuasai.
Pada 3 Oktober 1965, dengan bantuan Brigadir Polisi Sukitman, satuan TNI berhasil menemukan sumur tua di Lubang Buaya yang digunakan untuk mengubur jenazah perwria TNI AD.
Pada 4 Oktober 1965, pengangkatan jenazah dilakukan dan kemudian disemayamkan di Markas Besar Angkatan Darat Jakarta.
Tepat pada 5 Oktober 1965, dilakukan upacara pemakaman jenazah para perwira tibggi AD korban G30SPKI di Taman Makam Pahlawan Kalibata Jakarta.
Mereka pun ditetapkan sebagai Pahlawan Revolusi.
Penumpasan pun terus dilakukan.