Ia tercatat pernah menjadi Kepala Bidang Pemeriksanaan Penyidikan dan Penagihan Pajak Kanwil DJP Jawa Tengah I pada tahun 2013.
Pada tahun 2015, Rafael didapuk menjadi Kepala Kantor Pelayanan Pajak Pratama (KPP) Kabupaten Situbondo.
Setelah itu, ia diamanahkan untuk menduduki posisi sebagai Kepala Bidang Pemeriksaan Penyidikan dan Penaguhan Kanwil DPJ Jawa Timur I pada tahun 2017.
Karier Rafael Alun Trisambodo makin moncer setelah ia diangkat menjadi Kepala Kantor Pelayanan Pajak Modal Asing II pada tahun 2018.
Kemudian, ayah Mario Dandy Satrio ini didapuk menjadi Kepala Bagian Umum DJP Kanwil Jakarta Selatan.
Dalam LHKPN Desember 2021, harta kekayaan Rafael Alun Trisambodo tercatat sebesar Rp 56,10 miliar.
Saat memiliki total harta kekayaan tersebut, ia sudah menjabat sebagai Kepala Bagian Umum Kanwil DJP Jakarta.
Menariknya, jumlah kekayaannya itu melampaui kekayaan atasannya sendiri, yaitu Dirjen Pajak Suryo Utomo.
Bahkan, harta kekayaan Rafael hampir mendekati nilai kekayaan Sri Mulyani.