Pollycarpus merupakan terpidana dalam kasus pembunuhan aktivis HAM Munir Said Thalib, dan mendapat pembebasan bersyarat pada November 2014.
Dia mendapat pembebasan bersyarat setelah menjalani 8 dari 14 tahun masa hukuman.
Pollycarpus terjerat kasus pembunuhan setelah hasil otopsi Munir menyatakan bahwa penyebab kematian aktivis HAM tersebut diperkirakan akibat terpapar racun arsenik.
Polisi kemudian memeriksa Pollycarpus pada 26 November 2004, yang namanya tercatat sebagai kru dalam penerbangan, tetapi tidak ikut terbang dari Singapura ke Amsterdam.
Pada 8 Maret 2005, Pollycarpus ditetapkan sebagai tersangka dan ditahan di Rutan Mabes Polri.
Baca: Munir Said Thalib
Baca: Pollycarpus Budihari Priyanto
Ia pun menjalani sidang pertamanya di PN Jakarta Pusat. Polycarpus didakwa melakukan pembunuhan berencana dan pemalsuan dokumen.
Pollycarpus lalu divonis hukuman 14 tahun penjara pada 20 Desember 2005.
Pollycarpus dinilai terbukti turut melakukan pembunuhan berencana dan memalsukan surat.
Menurut majelis hakim, masuknya arsenik ke tubuh Munir tidak melalui orange juice seperti yang didakwakan, tetapi melalui mi goreng yang disantap Munir pada penerbangan Jakarta-Singapura.
Ia lalu melakukan banding ke Pengadilan Tinggi DKI Jakarta. Pada, 27 Maret 2006, Pengadilan Tinggi DKI Jakarta menjatuhkan vonis 14 tahun penjara.
Dalam berkas putusan tersebut, majelis hakim banding menyatakan sependapat dengan alasan dan pertimbangan hukum majelis hakim tingkat pertama karena sudah tepat dan benar.
Dari fakta yang diperoleh di persidangan telah terbukti racun arsen telah masuk ke dalam lambung Munir dan racun arsen itu telah menyebabkan kematian Munir.
Baca: BREAKING NEWS Pollycarpus Budihari Prijanto Meninggal Dunia
Basoeki, hakim yang menjadi ketua majelis hakim, mengajukan pendapat berbeda.
Ia berpendapat bahwa pendapat majelis hakim tingkat pertama yang memasukkan alternatif lain terbunuhnya Munir, yaitu racun arsen dimasukkan ke mi goreng, bukan ke jus jeruk.
Menurut Basoeki, dengan memasukkan alternatif lain dalam dakwaan, berarti telah terjadi pengesampingan dakwaan yang mengabaikan hak terdakwa membela diri.
Sri Handoyo, anggota majelis hakim, juga mengajukan pendapat berbeda.
Ia berpendapat pertimbangan majelis hakim tingkat pertama yang menyatakan arsen masuk ke tubuh Munir melalui mi goreng tidak dapat dibenarkan.
Keberadaan arsen dalam persidangan masih gelap, tidak diketemukan asal-usul arsen dan siapa yang menaburkan.
Pada 4 Oktober 2006, kasus Pollycarpus berlanjut ke kasasi di Mahkamah Agung (MA).
Baca: Minta Kematian Pollycarpus Diselidiki Lebih Dalam, Sekjen KASUM: Untuk Hindari Kecurigaan