Ketika menjadi mahasiswa, Zainudin Amali diketahui aktif di berbagai organisasi.
Zainudin Amali pernah menjadi Ketua Bakornas Lembaga Pers Mahasiswa Islam pada 1986-1987, ketua senat mahasiswa STIE Swadaya tahun 1988-1990, dan ketua umum DPP Gema Kosgoro.
Baca: Jokowi Minta Pembenahan Sepak Bola, Simak Profil Lengkap Menpora yang Baru
Baca: PROFIL LENGKAP 40 Menteri & Pejabat Setingkat Menteri Kabinet Jokowi-Maruf: Mahfud hingga Kapolri
Setelah lulus kuliahpun Zainudin Amali juga masih tetap aktif di beberapa organisasi seperti menjadi Wasekjen DPP REI, Wasekjen PP AMPG, Wakil Sekertaris Partai Golkar, Ketua DPP AMPI.
Zainudin Amali merupakan anggota DPR-RI yang mewakili Propinsi Gorontalo tahun 2004-2009 dan Propinsi Jawa Timur pada tahun 2009-2014.
Selain masalah gas, Zainudin Amali juga mengkritisi sistem industri dan pembangkit listrik yang dianggap masih mengalami kekurangan gas.
Pemanfaatan gas di dalam negeri juga dapat meningkatkan daya saing industri dan mendukung program konversi BBM ke BBG untuk kendaraan.
Pada April 2015 terjadi banyak mutasi di Fraksi Golkar dan sekarang Zainudin bertugas di Komisi VIII yang membidangi agama, sosial dan pemberdayaan perempuan.
Januari 2016, Zainudin Amali dimutasi ke Komisi I DPR-RI.
Baca: 34 MENTERI RESMI Kabinet Indonesia Maju Jokowi-Amin dan Pos Kementerian Kabinet Indonesia Maju
Baca: Umumkan Kabinet Indonesia Maju 2019-2024, Jokowi : Tidak Serius, Saya Copot di Tengah Jalan!
Sejak 30 November 2016, Zainudin ditugaskan untuk menggantikan posisi Rambe Kamarulzaman sebagai Ketua Komisi II DPR-RI yang membidangi pemerintahan dalam negeri dan otonomi daerah, aparatur dan reformasi birokrasi, kepemiluan, pertanahan dan reforma agraria.
Pada Pemilu 2019, Zainudin Amali kembali maju sebagai calon legislatif DPR RI dari dapil Jawa Timur XI.
Ketua Bakornas Lembaga Pers Mahasiswa Islam,1986-1987
Ketua Senat Mahasiswa STIE Swadaya, 1988-1990
Ketua Umum DPP Gema Kosgoro,1994-1998
PT Supra Dina Karya, Jakarta, 1993-2000
PT Makmur Triagung, Jakarta, 1996-1998
PT Surya Terang, Jakarta,1997-1998
PT Wirabuana Dwijaya Persada, Jakarta,1997-1998
Wasekjen DPP REI, 1998-2001
Wasekjen PP AMPG, 2002-2004
Wakil Sekretaris BIK Partai Golkar, 2002-2004
Ketua DPP AMPI, 2003- 2008
Anggota DPR-RI 2004-2009, 2009-2014, 2014-2019
Ketua DPD Golkar Jawa Timur, 2013
Sekjen Partai Golkar, 2014-2015