Karier Haris Azhar berawal di Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan (KontraS).
Ia pernah menjadi sukarelawan divisi advokasi, anggota staf monitoring dan biro riset, kepala dokumentasi penelitian biro kepala riset, investigasi dan biro database, Wakil Koordinator KontraS, dan puncaknya menjadi Koordinator KontraS pada 2015.
Di bawah kepemimpinan Haris Azhar, KontraS sempat dianugrahi berbagai pernghargaan.
Pada 2012, KontraS meraih Emilio Mignone Human Rights Award dari Pemerintah Argentina dan LSM yang disebut CLES.
Tak hanya itu, KontraS juga mendapat sebuah sertifikat pengakuan dari AMAN ketika AMAN merayakan hari jadi yang ke-20 pada 2011, atas kontribusi di bidang perdamaian dan HAM.
Sementara Haris dianugrahi penghargaan sebagai Generasi Baru yang Beraksi oleh I-Radio Jakarta pada 2014 dan aktivis terbaik iNews TV pada 2015.
Haris Azhar pernah berseteru dengan TNI dan Polri pada 2016 setelah menyebut mereka terkait dengan perederan narkoba yang dilakukan oleh terpidana mati kasus narkoba Freddy Budiman.
Hal ini berawal dari postingan Haris di akun Facebook dan Twitter KontraS yang berjudul 'Cerita Busuk dari Seorang Bandit' yang diunggah pada 29 Juli 2016.
Haris Azhar kemudian dilaporkan atas dasar pencemaran nama baik ke Mabes Polri pada 2 Agustus 2016.