Bentrokan terbuka antara massa dan aparat semakin meningkat sehingga aparat terpaksa menambah kekuatan.
Setelah itu massa terdesak mundur ke arah Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo (RSCM) dan Jalan Salemba.
Massa kemudian membakar tiga bus kota, termasuk satu bus tingkat serta beberapa gedung di Jalan Salemba.
Lima panser, tiga kendaraan militer khusus pemadam kebakaran, 17 truk, dan sejumlah kendaraan militer lain dikerahkan dari Jalan Diponegoro menuju Jalan Salemba.
Kerusuhan baru dapat diredam pada malam hari.
Pasca-kejadian itu, informasi tentang jumlah korban tewas dan luka simpang siur.
Pangdam Jaya Mayjen Sutiyoso menyebut "hanya" dua orang yang tewas dan 26 luka-luka.
Ini pun disebut bukan dari kubu Megawati, melainkan dari kubu Soerjadi yang mengalami serangan jantung.
Satu lagi adalah satpam yang loncat dari lantai tujuh karena gedungnya hendak dibakar massa.
Sementara Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI) yang kala itu dipimpin Bambang Widjojanto menyatakan 47 orang dirawat di RSCM, 10 orang dirawat di RS Cikini, dan 1 orang di RS Fatmawati.
Minggu tanggal 28 Juli 1996 sekitar pukul 09.00, tiga mobil jenazah keluar dari RS Cikini dengan pengawalan tentara.
Kamar mayat RS Cikini dijaga ketat oleh tentara yang melarang siapa pun mendekat.
Di hari yang sama, sejumlah wartawan yang sempat masuk ke kamar mayat RSCM menjumpai puluhan mayat yang penuh luka penganiayaan.
Sementara Komnas HAM menyimpulkan 5 orang tewas, 149 orang luka-luka, 23 hilang, dan 136 ditahan akibat peristiwa itu.
Penyelidikan digelar dengan kewenangan terbatas Komnas HAM, tetapi tak pernah ada tindak lanjut.
Pihak ABRI saat itu menuding kerusuhan dimotori kekuatan Partai Komunis Indonesia (PKI, Partai Rakyat Demokratik (PRD) turut dituding jadi dalang kerusuhan.
Aktivis PRD, Budiman Sudjatmiko yang kini menjadi politikus PDI-P dijebloskan ke penjara dengan hukuman 13 tahun penjara.
Secara kronologi waktu, Peristiwa Kudatuli dapat diurutkan sebagai berikut:
Massa PDI pendukung Soerjadi mulai berdatangan dengan menggunakan delapan kendaraan truk mini bercat kuning.
Sebelumnya, terjadi dialog antara delegasi massa PDI pendukung Soerjadi dan massa PDI pendukung Megawati sekitar 15 menit.
Massa kubu Megawati meminta agar kantor dinyatakan sebagai status-quo.
Kesepakatan tidak tercapai.
Terjadi bentrokan di antara kedua kubu, massa PDI pendukung Soerjadi yang mengenakan kaos warna merah bertuliskan "DPP PDI Pendukung Kongres Medan" serta mengenakan ikat kepala melempari kantor DPP PDI dengan batu dan paving-block.
Massa PDI pendukung Megawati juga membalas dengan benda seadanya yang terdapat di sekitar halaman kantor.
Massa PDI pendukung Megawati akhirnya berlindung di dalam gedung sebelum kemudian diduduki massa PDI pendukung Soerjadi.
Aparat keamanan kemudian mengambil alih dan menguasai kantor DPP PDI sepenuhnya, yang terhitung sejak awal Juni 1996 itu diduduki massa pendukung Megawati Soekarnoputri penentang Kongres Medan 20-22 Juni 1996.
Kantor DPP PDI kemudian dinyatakan sebagai area tertutup.
Polisi memberi tanda police line berwarna kuning hingga ruas Jl Diponegoro tidak dapat dilewati.
Pers dalam maupun luar negeri juga tidak diperkenankan melewati garis polisi itu.
Demikian pula dengan halaman kantor yang porak-poranda, dijaga ketat pasukan antihuru-hara.
Aparat keamanan mulai mengangkut sekitar 50 warga PDI pro Megawati yang tertahan di kantor itu dengan menggunakan tiga truk.
Beberapa di antaranya mengalami luka-luka akibat perang batu antara kedua kelompok tersebut.
Sembilan orang lainya diangkut dengan dua mobil ambulans.
Spanduk dan poster-poster di DPP PDI kemudian dibersihkan.
Massa yang memadati ruas jalan Diponegoro dan sekitarnya terus membengkak jumlahnya menjadi ribuan.
Sejumlah aktivis LSM dan mahasiswa menggelar aksi mimbar bebas di bawah jembatan layang kereta api, dekat stasiun Cikini.
Mimbar bebas ini kemudian beralih ke Jl Diponegoro.
Aksi mimbar bebas ini kemudian dengan cepat berubah menjadi bentrokan terbuka antara massa dengan aparat keamanan.
Bentrokan terbuka antara massa dan aparat semakin meningkat, sehingga aparat terpaksa menambah kekuatan.
Setelah itu massa terdesak mundur ke arah RSCM dan Jl Salemba.
Massa kemudian mulai membakar tiga bus kota terbakar, termasuk satu bus tingkat.
Massa kemudian mulai membakar beberapa gedung di Jl Salemba.
Lima panser, tiga kendaraan militer khusus pemadam kebakaran, 17 truk dan sejumlah kendaraan militer lainnya mulai dikerahkan dari Jl Diponegoro menuju Jl Salemba.
Massa kemudian membubarkan diri, api di sejumlah gedung belum berhasil dipadamkan hingga pukul 19.00 WIB.