- AAL (1988 A)
- Kursus Korbantem (1989)
- Kursus Perencanaan Operasi Amphibi (1990)
- Kursus Pariksa (1992)
- Dikspespa/Kom Angkatan 6 (1992/1993)
- Diklapa ll/Koum Angkatan 11 (1997/1998)
- Seskoal A-40 (2003)
- Sesko TNI A-38 (2011)
- Lemhannas Rl PPRA A-52 (2014)
Baca: Alasan di Balik Jenderal Andika Perkasa Revisi Syarat Tinggi Badan dan Usia Calon Taruna
Baca: Yudo Margono
Awal karier militer Laksamana Yudo Margono menjadi Asisten Perwira Divisi (Aspadiv) Senjata Artileri Rudal di KRI YNS 332 (1988).
Lantas dirinya mendapatkan promosi sebagai Kadep Ops KRI Ki Hajar Dewantara 364, Palaksa KRI Fatahillah 361, Komandan KRI Pandrong 801, Komandan KRI Sutanto 877, sampai Komandan KRI Ahmad Yani 351.
Kemudian Yudo Margono dipromosikan menjadi Komandan Lanal Tual (2004—2008).
Kemudian dia menajdi Komandan Lanal Sorong (2008—2010), Komandan Satkat Koarmatim (2010—2011), dan Komandan Satkor Koarmatim (2011—2012).
Selanjutnya dirinya juga pernah menjadi Komandan Kolat Koarmabar (2012—2014), Paban II Opslat Sopsal (2014—2015), Komandan Lantamal I Belawan (2015—2016), dan Kepala Staf Koarmabar (2016—2017).
Yudo Margono kembali mendapatka promosi sebagai Pangkolinlamil (2017—2018), lalu menjadi Pangkoarmabar (2018), Pangkoarmada I (2018—2019), Pangkogabwilhan I (2019—2020), dan KSAL (2020—Sekarang)
Laksamana Yudo Margono benar-benar membangun kariernya mulai dari bawah.
Kapal perang pertama yang Yudo Margono komandani merupakan KRI Pandrong 801, jenis kapal patroli cepat 58 meter.
Area penugasan Laksamana Yudo Margono pun juga menyebar dari wilayah Indonesia timur ke Indonesia barat.
Bahkan Panglima TNI pengganti Andika Perkasa ini pernah menjadi Komandan Pangkalan TNI AL di Tual, Maluku, dan Sorong, Papua.
Selain pernah menjadi Komandan Satuan Eskorta di Armada Timur TNI AL, Yudo juga menjadi Komandan Latihan Armada Barat TNI AL.