Seiring dengan permintaan pelanggan, PT KA menambah jumlah perjalanan kereta api ini menjadi lima kali pulang-pergi dalam sehari.
Selain itu, dilakukan pergantian rangkaian kereta menjadi KRD, menggunakan seri MCW 302 setelah dilakukan peningkatan daya mesin dari PT INKA.
Kemudian, pada 2007, rute bebrapa perjalanan KA Prameks diperpanjang hingga Kutoarjo.
Seiring pengoperasian jalur ganda lintas Yogyakarta-Kutoarjo pada 29 September 2007, sebelumnya dilakukan uji coba perjalanan lintas Surakarta-Yogyakarta-Kutoarjo sebanyak dua kali perjalanan dalam sehari per 15 Oktober 2007.
Dengan bertambahnya lima rangkaian KRDE yang diluncurkan pada 16 Februari 2008, jumlah perjalanan kereta api Prambanan Ekspres lintas Surakarta–Yogyakarta ditingkatkan menjadi sepuluh kali perjalanan pulang-pergi.
Sementara itu, untuk lintas Surakarta–Kutoarjo ditingkatkan menjadi empat kali perjalanan pulang-pergi.
Baca: Foto Soal SD Sebut Nama Ganjar Viral, Gubernur Jawa Tengah Sempat Kaget: Mungkin Kritikan Buat Saya
Baca: Mengenal Sosok Gus Dur, Ulama di Balik Kebebasan Perayaan Imlek di Indonesia