Ketika FP3 baru berlangsung beberapa menit, Johann Zarco terjatuh usai melebar di tikungan pertama.
FP3 dimanfaatkan para pembalap mengevaluasi ban untuk balapan.
Pembalap Monster Energy Yamaha, Maverick Vinales, pembalap Monster Energy Yamaha, menjadi yang tercepat dengan 1 menit 59,277 detik.
Maverick Vinales unggul 0,224 detik dari pembalap Suzuki Ecstar, Joan Mir.
Namun, Franco Mobidelli, pembalap Petronas Yamaha memperbaiki catatan waktunya dan berhasil meraih posisi terdepan di akhir sesi FP3 MotoGP Malaysia.
Franco Mobidelli unggul tipis dari rekan setimnya, Fabio Quartararo di posisi kedua.
Sementara itu, The Baby Alien yang sudah mengunci gelar juara dunia 2019, menempati posisi ketiga.
Valentino Rossi terlempar dari posisi sepuluh besar.
The Doctor harus puas berada di posisi kedua belas.
Namun, dia lolos ke kualifikasi dua (Q2) MotoGP Malaysia.
Sementara itu, di FP3 Moto2 Malaysia, pembalap Indonesia Dimas Ekky menunjukkan peningkatan.
Dimas Ekky berhasil mempertajam catatan waktunya dengan meraih posisi ke-28.
Sang pemimpin klasemen sementara, Alex Marquez, langsung tancap gas di awal sesi FP3.
Adik Marc Marquez bahkan mencatatkan lap rekor baru, yakni 2 menit 5,402 detik.
Selain itu, ada juga insiden tabrakan yang melibatkan Augusto Fernandez (Pons Racing) dan Ena Bastianini (Italtrans Racing Team).
Pada menit-menit akhir sesi FP3 Moto2 Malaysia, Brad Binder menjadi yang tercepat.
Dengan catatan waktu 2 menit 4,769 detik, pembalap Red Bull KTM Ajo tersebut menggeser Alex Marquez ke posisi kedua.
Hasil ini tidak berubah hingga FP3 MotoGP Malaysia selesai.
Sedangkan pembalap Jepang, Tetsuta Nagashima yang terjatuh di akhir sesi FP3 Moto2 Malaysia berada di posisi ketiga.