Aksi tersebut tidak berjalan damai, hingga akhirnya berujung dengan bentrokan.
Salah satunya yang terjadi di Gejayan, Yogyakarta pada 8 Mei 1998.
Peristiwa tersebut dikenal dengan Peristiwa Gejayan atau Tragedi Yogyakarta yang mengakibatkan ratusan orang luka-luka dan satu orang tewas dari mahasiswa MIPA Universitas Sanata Dharma (USD) bernama Moses Gatutkaca.
Saat itu, para mahasiswa USD melakukan aksinya di halaman kampus.
Moses ditemukan telah tergeletak oleh seorang mahasiswa di sekitar Posko PMI di Sanata Dharma.
Ia meninggal dalam perjalanan menuju Rumah Sakit Panti Rapih. Menurut dokter yang memeriksa, Moses mengalami perdarahan di telinga akibat pukulan benda tumpul.
Selain mahasiswa USD, mahasiswa Universitas Gadjah Mada dan mahasiswa IKIP Negeri Yogyakarta (saat ini UNY) juga turut melakukan aksi demo yang berujung bentrokan.
Dilansir dari Harian Kompas yang terbit pada 9 Mei 1998, hingga pukul 23.00 WIB pada 8 Mei 1998, Jalan Kolombo, Yogyakarta, masih memanas akibat bentrokan ribuan mahasiswa dan masyarakat dengan ratusan aparat keamanan, menyusul saling serang antara aparat dan para demonstran.
Mahasiswa dan masyarakat melawan aparat dengan batu, petasan, bahkan bom molotov.
Aparat keamanan akhirnya mulai membubarkan demonstran dengan tembakan gas air mata, semprotan air dari kendaraan water gun, dan pengejaran ke IKIP Yogyakarta dan Universitas Sanata Dharma (USD) Yogyakarta.
Untuk mengenang Peristiwa Gejayan, Jalan Kolombo di sebelah Univeritas Sanata Dharma diubah menjadi Jalan Moses Gatutkaca.
Nama jalan untuk mengenang pahlawan Reformasi yang mungkin masih terlupakan.