Sejumlah upaya pengungkapan telah dilakukan untuk mencari pihak yang bertanggung jawab atas pembunuhan Munir.
Faktanya, hingga Kapolri berganti tujuh kali dari Jenderal Da'i Bachtiar hingga Jenderal Tito Karnavian, banyak pihak menduga dalang di balik pembunuhan Munir masih berkeliaran bebas.
Proses hukum terhadap orang yang dianggap terlibat dalam pembunuhan Munir memang telah dilakukan.
Pengadilan telah memberi vonis 14 tahun penjara kepada Pollycarpus Budihari Priyanto, yang saat itu merupakan pilot Garuda Indonesia.
Vonis itu juga telah menjalani berbagai macam proses tingkatan peradilan.
Selain itu, pengadilan juga memvonis 1 tahun penjara kepada Direktur Utama Garuda Indonesia saat itu, Indra Setiawan.
Dia dianggap menempatkan Pollycarpus di penerbangan itu.
Baca: Lirik Tiba-tiba Batu, Lagu Terbaru Efek Rumah Kaca Lengkap dengan Video Klip
Sejumlah fakta persidangan bahkan menyebut adanya dugaan keterlibatan petinggi Badan Intelijen Negara (BIN) dalam pembunuhan ini.
Akan tetapi, tidak ada petinggi BIN yang dinilai bersalah oleh pengadilan.
Pada 13 Desember 2008, mantan Deputi V BIN Mayjen Purn Muchdi Purwoprandjono yang menjadi terdakwa dalam kasus ini divonis bebas dari segala dakwaan.