lihat foto
Dilaporkan, pasukan penculik memaksa seorang pembantu untuk menunjukkan letak kamar tidur D. I. Pandjaitan.
Kerabat dekat Pandjaitan yang tinggal di paviliun kecil dekat rumahnya, Albert Naiborhu dan Victor Naiborhu mengetahui suara pasukan penculik.
Baca: G30S, G30S/PKI, Gestok atau Gestapu, Mana Istilah yang Paling Tepat Penggunaannya?
Baca: G30S 1965 - Pasukan Gerakan 30 September & Siarannya di Radio Republik Indonesia (RRI)
Mereka berdua mengira terjadi perampokan di rumah Pandjaitan.
Setelah itu, mereka bergegas mempersiapkan senjata api yang dimaksudkan untuk melawan pasukan penculik.
Namun nahas, kedua kerabat Pandjaitan tersebut tertembak terlebih dahulu.
Dari dalam rumah, D. I. Pandjaitan kemudian diminta turun dari lantai dua oleh pasukan penculik, namun D. I. Pandjaitan menolak.
D. I. Pandjaitan kemudian berusaha menghubungi polisi.
Tapi usahanya gagal karena sambungan telepon telah terlebih dahulu diputus.
D. I. Pandjaitan kemudian diancam bahwa semua keluarganya akan dibunuh apabila tidak turun.
Pandjaitan yang telah berganti seragam militer, kemudian turun dari lantai dua.
Setelah turun, di halaman rumahnya, Pandjaitan dipukul dan ditembak oleh pasukan penculik hingga tewas seketika.
Jenazah D. I. Pandjaitan kemudian dimasukkan ke dalam truk dan dibawa ke Lubang Buaya, tempat di mana semua jenderal dikumpulkan.
Dilaporkan juga bahwa pada pukul 04.30 WIB, seorang agen Polisi II Sukitman yang sedang berpatroli di Jalan Iskandariyah, Kebayoran Baru disergap oleh pasukan penculik D. I. Pandjaitan.
Karena mengetahui keributan tersebut, Sukitman dimasukkan ke dalam truk dan ikut dibawa pergi ke Lubang Buaya.
Senapan dan sepedanya juga ikut dirampas.
Hasil Autopsi Jenazah
Jenazah para jenderal baru diangkat dari Lubang Buaya sekitar 75 jam setelah pembunuhan.
Tak terkecuali jenazah D. I. Pandjaitan.
Pada tanggal 4 Oktober 1965 sekitar pukul 16.30 WIB, atas perintah Panglima Komando Cadangan Strategis Angkatan Darat (Kostrad) selaku panglima Operasi Pemulihan Keamanan dan Ketertiban (Pangkopkamtib), sejumlah dokter diinstruksikan untuk melakukan pemeriksaan jenazah.
Instruksi tersebut keluar dengan surat perintah nomor PRIN-03/10/1965.
