Dia memilih meletakkan jabatannya sebagai duta Rusia untuk PBB setelah mengecam keras tindakan Rusia di Ukraina.
Kecaman itu disampaikannya melalui akun Linkedin miliknya.
Dia juga mengkritik Kementerian Luar Negeri Rusia atas apa yang dianggapnya sebagai "perang agresif" di Ukraina.
"Selama karier diplomatik saya selama 20 tahun, saya telah melihat berbagai perubahan dalam kebijakan luar negeri kita, tetapi tak pernah saya sebegitu malu kepada negeri saya seperti pada 24 Februari tahun ini," kata Bondarev dikutip dari CNN Internasional.
"Perang agresif yang dilancarkan Putin terhadap Ukraina, dan bahkan terhadap seluruh dunia Barat, tidak hanya kejahatan terhadap rakyat Ukraina, tetapi mungkin juga kejahatan terparah terhadap warga Rusia, dengan huruf Z tebal mencoret semua harapan dan kemungkinan adanya masyarakat bebas yang makmur di negara kita."
Baca: Presiden Polandia: Jika Ukraina Dikorbankan, Akan Jadi Bencana Besar bagi Barat
Baca: Salah Ucap, Mantan Presiden George Bush Sebut Invasi ke Irak Brutal: Maksudnya Ukraina
Surat kabar Rusia, Kommersant, mencoba menghubungi Bondarev untuk mengonfirmasi pernyataannya.
Bondarev mengakui bahwa pernyataan itu memang berasal dari dia.
Dia juga sudah mengirimkan surat kepada para diplomat yang ada di Jenewa.
Namun, kedutaan Rusia di markas PBB menolak buka suara tentang pengunduran diri Bondarev.
Dalam pernyataannya, diplomat senior itu turut menyinggung korupsi yang dilakukan pemimpin Rusia.
"Mereka yang menciptakan perang ini hanya menginginkan satu hal, yakni tetap berkuasa selamanya, tinggal di istana yang terasa hambar dan megah, berlayar dengan kapal pesiar yang tonase dan biayanya sebanding dengan seluruh Angkatan Laut Rusia, menikmati kekuasaan dan impunitas tak terbatas. Untuk mencapai ini, mereka bersedia mengorbankan banyak nyawa yang diperlukan. Ribuan warga Rusia dan Ukraina telah tewas hanya demi ini."
Pada akun Linkedin miliknya, Bondarev disebutkan sebagai diplomat senior Rusia dengan keahlian di bidang pembatasan persenjataan.
Setelah resmi mengundurkan diri sebagai diplomat, Bondarev kini memajang foto profil baru dan terlihat ada tagar #opentowork.
Baca: Mantan Elite Militer Rusia Sebut Perang di Ukraina Makin Buruk bagi Rusia
Baca: Ukraina Masukkan Jasad Tentara Rusia ke Dalam Gerbong Berpendingin di Kereta
Kementerian Luar Negeri Amerika Serikat (Kemenlu AS) menanggapi pengunduran diri Bondarev.
Menurut Kemenlu AS, pengunduran diri tersebut menunjukkan bahwa tetap ada sejumlah warga Rusia yang berani mengungkapkan ketidaksetujuannya dengan perang di Ukraina.
Baca berita lainnya tentang konflik Ukraina-Rusia di sini