Penyebabnya adalah keputusan PSSI menetapkan Persija Jakarta dan Bali United sebagai tim yang akan wakil Indonesia di Piala AFC 2021.
Dua wakil itu dipilih berdasarkan pertimbangan yang berbeda.
Bali United sebagai juara Liga 1 2019 dan Persija sebagai runner-up Piala Indonesia 2019.
Terkait dua wakil Indonesia, Bali United dan Persija Jakarta di Piala AFC 2021 mendapat protes dari sejumlah pihak.
Terutama terkait didaftarkannya Persija Jakarta, yang berstatus sebagai finalis Piala Indonesia 2019.
PSM yang menjuarai Piala Indonesia tak bisa masuk ke Piala AFC 2021 karena tak lolos verifikasi lisensi AFC.
Publik pun mengkritik PSSI karena dianggap tidak menaati aturan terkait syarat klub yang lolos ke Piala AFC.
Protes dilancarkan paling kencang, salah satunya oleh Persipura Jayapura.
Persipura, yang juga dinyatakan lolos lisensi klub AFC seperti Bali United dan Persija, merasa lebih berhak menjadi wakil Indonesia di Piala AFC 2021.
Sebab, posisi Persipura di klasemen Liga 1 2019 jauh di atas skuad Macan Kemayoran.
Baca: Jalani TC di Catalunya, Apakah Timnas Indonesia U-19 Lawan Barcelona di Laga Uji Coba? Ini Kata PSSI
Terkait polemik ini, PSSI disebut sudah meminta maaf kepada Persipura Jayapura.
Awalnya, PSSI memasukan Bali United dan Persija Jakarta sebagai wakil Indonesia untuk Piala AFC 2021 sesuai keputusan rapat Exco pada 16 Desember 2020.
Keputusan itu dilihat dari kompetisi musim 2019.
Saat itu, Bali United keluar sebagai juara Liga 1 2019, sementara Persija Jakarta merupakan runner up Piala Indonesia 2019.
Persija Jakarta awalnya menggantikan slot PSM Makassar yang juara Piala Indonesia 2019.
Akan tetapi, PSM Makassar tidak lolos klub lisensi AFC 2020, sehingga batal menjadi wakil Indonesia.
Apa yang diputuskan PSSI pun ternyata tidak sesuai dengan regulasi AFC.
Dalam regulasi AFC, terdapat poin wakil klub di suatu negara pertama merupakan juara liga.
Baca: Boaz Solossa
Setelah itu juara piala domestik, lalu peringkat kedua liga, peringkat ketiga liga, dan peringkat keempat liga.